Na Filozofskom fakultetu samostalna Katedra za etnologiju i etnografiju osnovana je odlukom Ministarstva prosvjete od 27. siječnja 1925. godine. Prvi predavač je postao dr. sc. Petar Bulat, filolog i folklorist. Iste je godine u svibnju dr. Bulat predložio osnivanje Etnološkog seminara i Statuta za seminar, s potrebnim prostorijama pokućstvom, knjigama i modelima za rad. U ožujku 1926. godine, nakon svega tri semestra, Bulat je umirovljen i nastaje stanka u predavanjima sve do imenovanja dr. sc. Milovana Gavazzija izvanrednim profesorom etnografije i etnologije.Katedra za etnologiju ponovno je pokrenuta u akademskoj godini 1927./28. u vrijeme dekana Dragutina Boranića, slavista i filologa, dugogodišnjeg urednika i suradnika Zbornika za narodni život i običaje u izdanju Akademije. Katedru, nakon višegodišnjih priprema i nastojanja, dobiva Milovan Gavazzi (1896. – 1992.), koji je od 1923. radio u struci kao kustos u Etnografskome muzeju. Gavazzi je potpuno izgradio studij etnologije i razvio znanstvenu djelatnost u okviru seminara. Studij etnologije obuhvatio je prikaz povijesti etnologije, pregled nacionalne tradicijske kulture, kulturâ slavenskih i drugih europskih naroda te izvaneuropskih kultura. U okviru seminara Gavazzi je uz nastavu potaknuo razne stručne i znanstvene djelatnosti: sakupljačku, izdavačku, snimanje etnoloških filmova, a započeo je i s etnološkom kartografijom. Po uredbi o Filozofskom fakultetu 1928. godine organizirano je 30 studijskih grupa, svaka s tri predmeta: A, B i C. Etnologija se studirala kao jedan od predmeta najčešće u okviru XIII. antropogeografske grupe, XXIII. grupe za opću historiju i XXVII. etnološke grupe. Reorganizacijom Fakulteta 1948. godine osnovano je 12 studijskih grupa, a svaka se mogla studirati i kao jednopredmetni studij. Od 1952. godine uveden je dvopredmetni studij pa se i etnologija studirala po novim organizacijskim pravilima: uz prvi glavni predmet, u trajanju od osam semestara, student je morao studirati srodnu studijsku grupu kao drugi glavni predmet, u trajanju od šest semestara. Novom reorganizacijom 1954. određeno je da su sve studijske grupe u načelu dvopredmetne te je dopušteno kombiniranje i povezivanje predmeta. Studij etnologije na samim počecima pretežito studiraju muškarci, ali ubrzo na studiju prevladavaju žene i taj se trend zadržao do danas. Prva žena koja je diplomirala etnologiju bila je Boženka Polić (21. 6. 1933.).

Milovan Gavazzi, uz razne odsječke i funkcije u Hrvatskome etnološkom društvu, obnašao je 1951./1952. godine dekansku funkciju na Fakultetu. Gavazzi je uživao velik ugled u europskoj etnološkoj znanosti. Godine 1970. Sveučilište u Beču dodijelilo mu je Herderovu nagradu kao jednom od uglednika koji njeguje i promiče kulturne odnose između srednjoeuropskih i istočnoeuropskih zemalja te pridonosi očuvanju europske kulturne baštine u skladu s miroljubivim sporazumijevanjem među narodima.Branimir Bratanić (1910. – 1986.) zaposlen je kao prvi asistent 1936. godine. Bratanićevo nastavno područje obuhvaćalo je povijest i teoriju etnologije i kulture ratarskih naroda Staroga svijeta, a razvio je etnološku kartografiju. Prilikom preustroja Fakulteta 1960. godine nastao je Odsjek za etnologiju, u čijem su okviru djelovale Katedra za nacionalnu etnologiju (izučavanje kulture hrvatskoga te njemu srodnih i susjednih naroda), koju je vodio Gavazzi, i Katedra za opću etnologiju (izučavanje kultura izvaneuropskih naroda), koju je vodio Bratanić. Godine 1961. Bratanić je osnovao Centar za pripremu Etnološkog atlasa Jugoslavije (EAJ) pri Filozofskom fakultetu u Zagrebu. Od te se godine na Odsjeku organizira i nastava poslijediplomskoga studija etnologije. Broj zaposlenika postupno je rastao pa su zaposleni suradnici i nastavnici koji su radili na znanstvenoistraživačkim, nastavnim i organizacijskim poslovima: Andrija Stojanović (1914. – 1985.), Marija Išgum (1931. – 1999.), Đurđica Palošija (1930. – 2005.), Jasna Andrić (29. 11. 1934.), Vitomir Belaj (8. 11. 1937.) i Manda Svirac, koji na Odsjeku rade do umirovljenja. Dio svoje znanstvene karijere na Odsjeku u razdoblju od 1965. do 1979. godine ostvarila je Aleksandra Muraj, a kraće vrijeme od 1988. do 1991. godine i Olga Supek.Od 1982. do 1992. godine Odsjek je nosio ime Etnološki zavod. Od 1984. godine Centar za pripremu EAJ-a proširen je u Centar za etnološku kartografiju. Od 1989. godine Centar izdaje časopis Studia ethnologica. Od petog broja iz 1993. godine časopis nosi naziv Studia ethnologica Croatica. Godine 1999. Centar je postao dio Odsjeka za etnologiju. Teorijski okviri i pristupi izučavanju etnoloških pojava “proširuju se” i na područje kulturne antropologije. Preustrojem Odsjek preuzima i tiskanje časopisa. Odsjek je s Hrvatskim etnološkim društvom suizdavač Etnološke tribine, od samih početaka izlaženja 1970. godine.